Azərbaycan Respublikası Maliyyə Nazirliyinin Dövlət Xəzinədarlığı Agentliyi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin “Azərbaycan Respublikası Maliyyə Nazirliyinin fəaliyyətinin təkmilləşdirilməsi tədbirləri haqqında” 09 Fevral 2009-cu il tarixli 48 nömrəli Fərmanı ilə yaradılmışdır.   

Azərbaycan Respublikası Maliyyə Nazirliyinin Dövlət Xəzinədarlığı Agentliyi dövlət büdcəsinin kassa icrasını həyata keçirən və həmin maliyyə əməliyyatlarının uçotunu aparan, büdcə xərcləri üzrə dövlətin adından büdcə təşkilatları qarşısında öhdəlikləri qəbul edən, Azərbaycan Respublikasında dövlətə məxsus maliyyə vəsaitlərinin vahid mərkəzdən idarə edilməsi, bu vəsaitlərin daxil olması və məqsədyönlü xərclənməsi sahəsində cari nəzarəti həyata keçirən icra hakimiyyəti orqanıdır.

Agentlik öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasını, Azərbaycan Respublikasının qanunlarını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikasının tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələri, Azərbaycan Respublikası Maliyyə Nazirliyinin Əsasnaməsini, Azərbaycan Respublikası maliyyə nazirinin əmr və sərəncamlarını və Azərbaycan Respublikası Maliyyə Nazirliyinin Dövlət Xəzinədarlığı Agentliyi haqqında Əsasnaməni rəhbər tutur.